Los autores materiales e intelectuales de los crímenes que la guerrilla (FMLN) cometió durante la guerra civil fueron protegidos con tres leyes de amnistía, de las que dos sancionó el entonces presidente de la república Alfredo Félix Cristiani Burkard, del partido ARENA.
Algunos de los crímenes que el FMLN perpetró en contra de civiles, agentes de la autoridad y funcionarios de aquella época están plasmados en el Informe de la Comisión de la Verdad para El Salvador de la Organización de las Naciones Unidas (ONU).
En el informe se señala que el FMLN no solo utilizó la violencia en contra de sus opositores y combatientes, sino también en perjuicio de no combatientes. Además el informe detalla que ese tipo de ataques fueron ilegales y violaron el Derecho Internacional Humanitario y el Derecho Internacional de los Derechos Humanos.
Uno de los crímenes más sonados hasta el momento que conmocionó a la sociedad fue la masacre de la Zona Rosa, en la colonia San Benito, en San Salvador. El acto terrorista fue perpetrado cerca de las 9:30 de la noche del 19 de junio de 1985 por el Comando Urbano Mardoqueo Cruz del Partido Revolucionario de los Trabajadores Centroamericanos (PRTC), uno de los cinco brazos armados del FMLN.
El atentado estaba dirigido contra cuatro infantes de la Marina estadounidense la guerrilla los consideró objetivos o blancos militares que estaban vestidos de civil y desarmados mientras departían en el restaurante Chili’s, de la Zona Rosa. En el hecho también murieron nueve civiles y uno de los atacantes.
La Comisión de la Verdad determinó: “Los infantes de la Marina estadounidense no eran combatientes, sino que su función era cuidar la embajada de Estados Unidos y tampoco existió indicio alguno de que hayan participado en acciones de combate en El Salvador”.
En el Informe de la Comisión de la Verdad se lee que los detenidos enfrentaron la justicia penal, pero a los dos años cuando el proceso penal ya estaba en primera instancia el defensor solicitó el sobreseimiento definitivo para todos, porque el 27 de octubre de 1987 la Asamblea Legislativa aprobó la ley de amnistía para lograr la reconciliación nacional.
La ley fue aprobada mientras el pedecista Guillermo Antonio Guevara Lacayo ejercía la presidencia del congreso, y fue sancionada al siguiente día por Rodolfo Antonio Castillo Claramount, vicepresidente de la república en el Gobierno de José Napoleón Duarte, del viejo PDC.
La amnistía, al entrar en vigor, dejó en la impunidad los crímenes cometidos hasta el 22 de octubre de 1987, y también la masacre de la Zona Rosa. Según consta en el Informe de la Comisión de la Verdad, los tres imputados fueron puestos formalmente en libertad y sobreseídos definitivamente por la justicia penal el 12 de noviembre de 1987.
